El Rector, es el encargado de la Dirección del establecimiento educativo. Es nombrado por el Arzobispo de Medellín y/o la Fundación Arquidiocesana para la Educación de la Arquidiócesis de Medellín.

Algunas de sus funciones son:

El Colegio Pablo VI cuenta con una Política de Protección de Datos Personales, conforme a la Ley 1581 de 2012.